Đánh giá của WB tại báo cáo môi trường kinh doanh cho thấy: Liên tục trong 2 năm 2016, 2017, Việt Nam giữ vững vị trí thứ 4 trong 10 nước ASEAN về chỉ số Giao dịch thương mại qua biên giới với thời gian và chi phí đối với hàng hóa xuất, nhập khẩu đều có sự chuyển biến tích cực so với năm trước.
 
Năm 2016, thời gian giao dịch thương mại qua biên giới (bao gồm thời gian làm các thủ tục tại cửa khẩu và thời gian chuẩn bị hồ sơ) đối với hàng nhập khẩu là 138 giờ, giảm 32 giờ; đối với hàng xuất khẩu là 108 giờ, giảm 32 giờ;
 
Năm 2017-2018, thời gian giao dịch thương mại qua biên giới đối với hàng nhập khẩu là 132 giờ, giảm 6 giờ; đối với hàng xuất khẩu là 105 giờ, giảm 3 giờ (giảm ở thời gian làm thủ tục tại cửa khẩu); Chi phí giao dịch thương mại qua biên giới (bao gồm chi phí làm các thủ tục tại cửa khẩu và chi phí chuẩn bị hồ sơ) đối với hàng nhập khẩu và xuất khẩu đều giảm 19 USD (giảm ở chi phí làm thủ tục tại cửa khẩu).
 
Năm 2018, vị trí xếp hạng của Việt Nam đối với Chỉ số chung về môi trường kinh doang giảm 1 bậc (từ vị trí 68 lên vị trí 69/190 nước); chỉ số Giao dịch thương mại qua biên giới giảm 6 bậc (từ vị trí 94 lên đến vị trí 100/190 nước).
 
Với kết quả này, Tổng cục Hải quan cho rằng, có cả nguyên nhân khách quan và chủ quan.
 
Cụ thể, về nguyên nhân khách quan đối với xếp hạng Chỉ số chung về môi trường kinh doanh: Một số quốc gia châu Phi, Trung Quốc, Ấn Độ, đặc biệt khu vực ASEAN là Malaysia có sự cải thiện vượt bậc về lĩnh vực trong hoạt động kinh doanh dẫn đến sự thay đổi về vị trí xếp hạng chung về môi trường kinh doanh.
 
Đối với xếp hạng Chỉ số thương mại qua biên giới, một số quốc gia có sự cải thiện vượt bậc về hoạt động giao thương hàng hóa qua biên giới như Brazil, Nga, Ấn Độ, Trung Quốc, đặc biệt khu vực ASEAN là Malaysia, Lào
 
Malaysia tăng 13 bậc từ vị trí 61 lên vị trí 48/190; nguyên nhân do: Malaysia đã đẩy mạnh hải quan điện tử, quản lý rủi ro và nâng cấp cơ sở vật chất và hệ thống quản lý hoạt động tại cảng biển chính Klang.
 
Lào tăng 48 bậc từ vị trí 124 lên vị trí 76; nguyên nhân theo nhận định của WB là Lào đã đơn giản hóa quy trình thông quan hàng tại cửa khẩu.
 
Ngoài 2 nước trên, 8 nước còn lại trong ASEAN đều bị giảm từ 2 đến 7 bậc trong bảng xếp hạng.
 
Chỉ số này cũng phản ánh nguyên nhân về mặt chủ quan, trong đó, đối với hoạt động hải quan: Việc ứng dụng công nghệ thông tin vẫn chưa phủ tất cả các lĩnh vực quản lý nhà nước về Hải quan; Các hệ thống CNTT được xây dựng, phát triển dựa trên yêu cầu nghiệp vụ qua nhiều giai đoạn và nhiều mục tiêu khác nhau. Đặc thù các văn bản quy phạm pháp luật thường xuyên có sự thay đổi tuy nhiên các thủ tục để trình phê duyệt dự án xây dựng hệ thống CNTT phải trải qua rất nhiều bước, nhiều thủ tục nên mức độ đáp ứng của hệ thống CNTT đôi khi không theo kịp các quy định pháp luật mới.
 
Việc áp dụng các biện pháp quản lý rủi ro vào trong hoạt động nghiệp vụ hải quan còn một số hạn chế do một số nguyên nhân như: Cơ sở hạ tầng CNTT chưa đồng bộ; công tác lựa chọn soi chiếu vẫn chưa đáp ứng hoàn toàn yêu cầu quản lý; công tác xếp hạng, đánh giá tuân thủ, đánh giá tự động trên hệ thống công nghệ thông tin chưa thực sự sát với tình hình thực tế.
 
Bên cạnh đó, hoạt động quản lý, kiểm tra chuyên ngành (KTCN) và triển khai Cơ chế một cửa quốc gia, một cửa ASEAN, dù số lượng thủ tục hành chính triển khai mới đã tăng lên một cách nhanh chóng, riêng năm 2018 đã triển khai mới 101 thủ tục, nâng số thủ tục triển khai thông qua Cơ chế một cửa quốc gia hiện nay lên 148 thủ tục, tăng gấp 2 lần số thủ tục thực hiện trong 4 năm cộng lại (từ 2014 – 2017 mới triển khai được 47 thủ tục). Tuy nhiên, số thủ tục triển khai mới vẫn chưa đáp ứng mục tiêu đề ra theo Kế hoạch hành động của Chính phủ; một số bộ, ngành chậm xây dựng Kế hoạch hành động chi tiết để triển khai.
 
Về KTCN, số lượng hàng hóa phải KTCN còn chiếm tỷ trọng lớn. Văn bản quy phạm pháp luật quy định về quản lý và KTCN có phạm vi quản lý và kiểm tra rộng, nhiều mặt hàng chưa có mã số HS, chưa có đầy đủ tiêu chuẩn, quy chuẩn để thực hiện việc kiểm tra; còn quy định chồng chéo một hàng hóa phải thực hiện cùng lúc nhiều thủ tục, chịu nhiều hình thức quản lý, kiểm tra chuyên ngành do cùng một bộ, ngành.
 
KTCN thực hiện chủ yếu bằng phương thức thủ công, chưa áp dụng rộng rãi phương pháp quản lý rủi ro, việc công nhận kết quả kiểm tra.
 
Kết quả chỉ số cũng phản ánh những hạn chế trong hoạt động kinh doanh kho bãi, logistics và hoạt động khác có liên quan như: Kết cấu hạ tầng giao thông không đồng bộ, thiếu kết nối, thiếu nguồn lực để hiện đại hóa, nâng cao năng lực bốc xếp, giữa các cảng có tình trạng mất cân đối cung cầu… Những hạn chế đó khiến hệ thống cảng, kho bãi chưa phát huy hết năng lực, làm chi phí logistics tăng cao.
 
Một số địa phương có tình trạng số lượng kho, bãi lớn nhưng nằm rải rác, dàn trải, không có định hướng cụ thể nên hiệu quả kinh doanh của không ít kho, bãi không hiệu quả, lượng hàng hóa ít, không tương xứng với nguồn lực đầu tư.
 
Riêng đối với cảng Cát Lái là cảng có lưu lượng hàng hóa XNK lớn nhất cả nước, tuy nhiên hạ tầng thiếu đồng bộ, kết nối; tình trạng kẹt xe kéo dài trong nhiều giờ trên trục đường Đồng Văn Cống (quận 2), Nguyễn Văn Linh (quận 7) đã gây thiệt hại nặng nề cho doanh nghiệp, đẩy chi phí logistics tăng cao.
 
Những nỗ lực của cơ quan Hải quan (Bộ Tài chính) mặc dù đã đem lại những kết quả tích cực, nhưng để nâng cao xếp hạng Chỉ số Giao dịch thươn mại qua biên giới cần có tham gia tích cực, sự nỗ lực, cố gắng của các cơ quan quản lý chuyên ngành; doanh nghiệp kinh doanh kho bãi cảng, doanh nghiệp logicstic và cộng đồng doanh nghiệp nhằm triển khai đồng bộ các giải pháp giảm thời gian và chi phí giao dịch thương mại qua biên giới.